Projekt: Redskaber til kontrol af virusinfektioner i danske kalve II

Arbejdspakke 1: Influenza D virus i danske kalve - epidemiologi og sygdomsmæssig betydning 

Formål og hypoteser:
At undersøge smittedynamikken af IDV i smittede besætninger. Det vurderes om der cirkulerer flere stammer på samme tid, og om kalve kan smittes flere gange eller om der opstår beskyttende immunitet. Endvidere er det formålet at undersøge, hvilken betydning IDV-infektion har for sundheden og produktiviteten. Hypoteserne er, at IDV introduceres i besætninger ved indkøb og efterfølgende persisterer i besætningerne. Det er ingen data der dokumenterer betydning af influenza D på tilvæksten, antibiotikaforbruget og dødeligheden, men baseret på udenlandske studier af lungebetændelse generelt er det hypotesen at infektionen påvirker tilvæksten signifikant (se afsnit 2.8 for kvantitative estimater). 

Arbejdsplan:
I delaktivitet 1.1 er målet at undersøge, hvor længe IDV forbliver i en besætning og at undersøge, om det er én eller flere IDV virusstammer, der cirkulerer samtidig i en besætning - samt at undersøge om kalvene kan smittes flere gange – altså om der opstår en beskyttende immunitet efter den første infektion. Infektionen vurderes på baggrund af prøver udtaget i næsen samt ved blodprøver. I delaktivitet 1.2 undersøges det om IDV-infektion har sundhedsmæssig og produktionsmæssig betydning for den enkelte kalv på baggrund af påvirkning af tilvækst og behandlinger. 

1.1 Smittedynamik af IDV i slagtekalvebesætninger

Den deltagende dyrlæge screener 1-3 slagtekalvebesætninger med kliniske tegn, der er foreneligt med IDV-infektion (lungebetændelse, respiratoriske lidelse, feber). Besætningen skal minimum producerer 500 slagtekalve om året og registrerer behandlinger på individ niveau. Dyrlægen udtager næsesvaberprøver fra 5-10 af de syge dyr fra aldersgrupperne; senest ankomne kalve, kalve 3 uger efter ankomst og kalve 3 mdr. gamle, og fra aldersgruppen kalve 6 mdr. gamle udtages næseaftørringsprøver. Prøverne indsendes til test for IDV på Københavns Universitet, Frederiksberg. Ved positivt testresultat for flere af besætningerne udvælges én af besætningerne og i den besætning udvælges et hold af kalve, som følges fra indsættelse og indtil slagtning (ca. 9-10 mdr. gamle). Der udvælges 50 kalve fra det udvalgte hold hvorfra der udtages månedlige prøver og foretages klinisk vurdering for at undersøge hvor længe IDV forbliver i besætningen. Ved hver prøveudtagning udtages næsesvaberprøver af kalvene indtil de er omkring 6 mdr. gamle og derefter udtages der næseaftørringsprøver. Prøverne indsendes til test for IDV på Københavns Universitet, Frederiksberg.

Fra hver prøveudtagning udvælges de mest positive prøver til Next Generation Sequencing (NGS) og ud fra disse sekvenser undersøges, om det er den samme virusstamme, der cirkulerer ved de forskellige prøveudtagninger.   

1.2. Betydning af IDV-infektion for sundheden og produktiviteten

De 50 udvalgte kalve, der er inkluderet i 1.1, samt yderligere 50 kalve vejes ved indsættelse og igen inden de bliver sendt til slagtning. Endvidere tages der blodprøver ved ankomst og ved slagtning. Efter slagtning indsamles data om medicinforbrug (antibiotikaforbrug) og evt. bemærkninger fra slagteriet for de 100 kalve. På baggrund af resultater fra laboratorieanalyserne (påvisning af virus i næsesvaber og/eller positiv for IDV-antistoffer ved slagtning) inddeles de 100 kalve i to grupper: kalve der har været smittet med IDV og kalve, der ikke har været smittet med IDV. Ved at udvælge 100 kalve forventes det at der vil være minimum 30 kalve i hver gruppe (smittet/ikke smittet). Hvis den gennemsnitlige tilvækst antages at være 650 g pr. dag for raske kalve og 620 g/dag for influenza D smittede kalve og standardafvigelsen antages at være 40 g/dag vil en gruppestørrelse på 30 kalve være nok til at påvise en forskel i tilvækst mellem de to grupper med et signifikansniveau på 0,05 og en statistisk styrke på 0,80. Forskelle i medicinforbrug mellem de smittede/usmittede kalve analyseres deskriptivt. 

Figur 1. Skematisk illustration af forsøgsdesignet 

Arbejdspakke 2: Undersøgelse af effekten af vaccination mod rotavirus A

Formål:
At undersøge den genotypiske relevans i forbindelse med vaccination mod rotavirus A. 

Arbejdsplan:
I delaktivitet 2 er målet at undersøge hvilke rotavirus A genotyper, der findes i besætninger, der anvender vacciner mod dette virus – samt at undersøge hvor sammenlignelig genotyperne er i forhold til vaccine-
genotyperne, og at undersøge hvilken betydning det har for infektion og udskillelsen af rotavirus A. I delaktivitet 2.2 er målet at undersøge hvilke rotavirustyper andre end A, der er til stedet i danske kalve – samt at undersøge om de har en betydning for sundheden. Projektet gennemføres som del af et speciale i veterinærmedicin for to dyrlægestuderende (specialekontrakt er underskrevet). 

2.1. Sammenhæng mellem effekt af vaccination mod rotavirus A og genotype

Der udvælges 20 malkekvægsbesætninger, som anvender vaccine mod rotavirus A. I hver besætning udtages gødningsprøver fra 20 kalve i aldersgruppen 0-4 uger, og der laves kliniske undersøgelser (diarre-orienteret undersøgelse) af de udvalgte kalve. Fra ti af kalvene udtages parrede blodprøver. Prøverne indsendes til test på Københavns Universitet, Frederiksberg. Gødningsprøverne analyseres for tilstedeværelsen af rotavirus A ved PCR og genotypen for de positive prøver karakteriseres ved brug af RNA NGS. Blodprøverne testes for tilstedeværelsen af antistoffer mod rotavirus A. Ud fra det opnåede data undersøges, hvorvidt antistoffer mod vaccinestammen beskytter mod de rotavirus A genotyper, der er i den enkelte besætning, samt om genotyperne har betydning for udskillelsen af rotavirus A virus.  

Tidsplan: 

• Arbejdspakke 1: starter i januar 2025, feltdelen forventes afsluttet ultimo oktober. Laboratorieanalyserne udføres løbende. Dataopgørelse og udfærdigelse af rapport forventes afsluttet i december. 
• Arbejdspakke 2: Besætninger der skal indgå identificeres i løbet af januar 2025; prøveudtagningen starter primo februar 2025 og forventes afsluttet primo maj. Prøverne testes i laboratoriet løbende. Rapport udfærdiges i maj-juni 2025.