Ernst Stefan Seemann
Lektor
- 2007
- Udgivet
Detection of RNA structures in porcine EST data and related mammals
Seemann, Ernst Stefan, Gilchrist, M. J., Hofacker, I. L., Stadler, P. F. & Gorodkin, Jan, 2007, I: BMC Genomics. 8, 316, 17 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2008
- Udgivet
Unifying evolutionary and thermodynamic information for RNA folding of multiple alignments
Seemann, Ernst Stefan, Gorodkin, Jan & Backofen, R., 2008, I: Nucleic Acids Research. 36, 20, s. 6355-6362 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2010
- Udgivet
Hierarchical folding of multiple sequence alignments for the prediction of structures and RNA-RNA interactions
Seemann, Ernst Stefan, Richter, A. S., Gorodkin, Jan & Backofen, R., 2010, I: Algorithms for Molecular Biology. 5, 22, 13 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Prediction of structured non-coding RNAs, RNA-RNA interactions and their (co)-expression in the brain
Seemann, Ernst Stefan, 2010, Department of Basic Animal and Veterinary Sciences, University of Copenhagen. 195 s.Publikation: Bog/antologi/afhandling/rapport › Ph.d.-afhandling › Forskning
- 2011
- Udgivet
PETcofold: predicting conserved interactions and structures of two multiple alignments of RNA sequences
Seemann, Ernst Stefan, Richter, A. S., Gesell, T., Backofen, R. & Gorodkin, Jan, 2011, I: Bioinformatics. 27, 2, s. 211-219 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The PETfold and PETcofold web servers for intra- and intermolecular structures of multiple RNA sequences
Seemann, Ernst Stefan, Menzel, K. P., Backofen, R. & Gorodkin, Jan, 2011, I: Nucleic Acids Research. 39, Suppl. 2, s. W107-W111 5 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2012
- Udgivet
RILogo: visualising RNA-RNA interactions
Menzel, K. P., Seemann, Ernst Stefan & Gorodkin, Jan, 2012, I: Bioinformatics. 28, 19, s. 2523-2526 4 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Transcripts with in silico predicted RNA structure are enriched everywhere in the mouse brain
Seemann, Ernst Stefan, Sunkin, S. M., Hawrylycz, M. J., Ruzzo, W. L. & Gorodkin, Jan, 2012, I: BMC Genomics. 13, 1, s. 214-227 14 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Sequence and expression analysis of gaps in human chromosome 20
Minocherhomji, S., Seemann, Ernst Stefan, Mang, Y., Elschich, Z., Bak, M., Hansen, C., Papadopoulos, N., Josefsen, K., Nielsen, Henrik, Gorodkin, Jan, Tommerup, Niels & Silahtaroglu, Asli, aug. 2012, I: Nucleic Acids Research. 40, 14, s. 6660-6672 13 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2013
- Udgivet
RNAsnp: efficient detection of local RNA secondary structure changes induced by SNPs: efficient detection of local RNA secondary structure changes induced by SNPs
Radhakrishnan, S., Tafer, H., Seemann, Ernst Stefan, Hofacker, I. L., Stadler, P. F. & Gorodkin, Jan, 2013, I: Human Mutation. 34, 4, s. 546-556 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The RNAsnp web server: predicting SNP effects on local RNA secondary structure
Radhakrishnan, S., Tafer, H., Seemann, Ernst Stefan, Hofacker, I. L., Stadler, P. F. & Gorodkin, Jan, 2013, I: Nucleic Acids Research. 41, s. W475-W479 5 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2014
- Udgivet
Structured RNAs and synteny regions in the pig genome
Anthon, Christian, Tafer, H., Havgaard, Jakob Hull, Thomsen, B., Hedegaard, J., Seemann, Ernst Stefan, Pundhir, Sachin, Kehr, S., Bartschat, S., Nielsen, M., Nielsen, R. O., Fredholm, Merete, Stadler, P. F. & Gorodkin, Jan, 2014, I: BMC Genomics. 15, 27 s., 459.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2015
- Udgivet
Emerging tools for RNA structure analysis in polymorphic data
Radhakrishnan, S., Seemann, Ernst Stefan & Gorodkin, Jan, 2015, I: Biozoom. 2, s. 10-13 4 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Formidling
- Udgivet
Optimizing RNA structures by sequence extensions using RNAcop
Hecker, N., Christensen-Dalsgaard, M., Seemann, Ernst Stefan, Havgaard, Jakob Hull, Stadler, P. F., Hofacker, I. L., Nielsen, Henrik & Gorodkin, Jan, 2015, I: Nucleic Acids Research. 43, 17, s. 8135-8145 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Quality Assessment of Domesticated Animal Genome Assemblies
Seemann, Ernst Stefan, Anthon, Christian, Palasca, Oana & Gorodkin, Jan, 2015, I: Bioinformatics and Biology Insights. 9, Suppl 4, s. 49-58 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Transcriptomic landscape of lncRNAs in inflammatory bowel disease
Mirza, A. H., Bang-Berthelsen, C. H., Seemann, Ernst Stefan, Pan, X., Frederiksen, K. S., Vilien, M., Gorodkin, Jan & Pociot, Flemming, 2015, I: Genome Medicine. 7, 22 s., 39.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Full-length RNA structure prediction of the HIV-1 genome reveals a conserved core domain
Sükösd, Z., Andersen, E. S., Seemann, Ernst Stefan, Jensen, M. K., Hansen, M., Gorodkin, Jan & Kjems, J., 2 dec. 2015, I: Nucleic Acids Research. 43, 21, s. 10168-79 12 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2016
- Udgivet
Differential transcriptional responses to Ebola and Marburg virus infection in bat and human cells: [Plus] Corrigendum
Hölzer, M., Krähling, V., Amman, F., Barth, E., Bernhart, S. H., Carmelo, V. A. O., Collatz, M., Doose, G., Eggenhofer, F., Ewald, J., Fallmann, J., Feldhahn, L. M., Fricke, M., Gebauer, J., Gruber, A. J., Hufsky, F., Indrischek, H., Kanton, S., Linde, J., Mostajo, N. & 19 flere, , 7 okt. 2016, I: Scientific Reports. 6, 16 s., 34589.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
SNHG5 promotes colorectal cancer cell survival by counteracting STAU1-mediated mRNA destabilization
Damas, N. D., Marcatti, M., Côme, Christophe Roger Michel, Christensen, L., Nielsen, M. M., Baumgartner, R., Gylling, H. M., Maglieri, G., Friis, Carsten, Seemann, Ernst Stefan, Rapin, N., Thézenas, S., Vang, S., Ørntoft, T., Andersen, C. L., Pedersen, J. S. & Lund, Anders H., 22 dec. 2016, I: Nature Communications. 7, 14 s., 13875.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2017
- Udgivet
Associating transcription factors and conserved RNA structures with gene regulation in the human brain
Hecker, N., Seemann, Ernst Stefan, Silahtaroglu, Asli, Ruzzo, W. L. & Gorodkin, Jan, 2017, I: Scientific Reports. 7, 1, 16 s., 5776.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
RNAscClust: Clustering RNA sequences using structure conservation and graph based motifs
Miladi, M., Junge, A., Costa, F., Seemann, Ernst Stefan, Havgaard, Jakob Hull, Gorodkin, Jan & Backofen, R., 2017, I: Bioinformatics. 33, 14, s. 2089-2096 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The identification and functional annotation of RNA structures conserved in vertebrates
Seemann, Ernst Stefan, Mirza, A. H., Hansen, C., Bang-Berthelsen, C. H., Garde, C., Christensen-Dalsgaard, M., Torarinsson, E., Yao, Z., Workman, C. T., Pociot, Flemming, Nielsen, Henrik, Tommerup, Niels, Ruzzo, W. L. & Gorodkin, Jan, 2017, I: Genome Research. 27, s. 1371-1383 14 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
DotAligner: Identification and clustering of RNA structure motifs
Smith, M. A., Seemann, Ernst Stefan, Quek, X. C. & Mattick, J. S., dec. 2017, I: Genome Biology. 18, 1, 12 s., 244.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2018
- Udgivet
Identification and characterization of novel conserved RNA structures in Drosophila
Kirsch, Rebecca, Seemann, Ernst Stefan, Ruzzo, W. L., Cohen, S. M., Stadler, P. F. & Gorodkin, Jan, 2018, I: BMC Genomics. 19, 20 s., 899.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The developmental neurogenic niche of the Entorhinal cortex revealed by single-cell transcriptomics.
Bergmann, T. B., Liu, Y., Lee, J., Peralvo Vidal, Juan Miguel, Mori, Yuki, Seemann, Ernst Stefan, Pihl, M., Thomsen, Preben Dybdahl, Hyttel, P., witter, M., Gorodkin, Jan, Hall, Vanessa Jane & Pers, Tune H, 2018.Publikation: Konferencebidrag › Konferenceabstrakt til konference › Forskning
ID: 4223622
Flest downloads
-
1297
downloads
Detection of RNA structures in porcine EST data and related mammals
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet -
880
downloads
Structured RNAs and synteny regions in the pig genome
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet -
670
downloads
Unifying evolutionary and thermodynamic information for RNA folding of multiple alignments
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet