Jan Gorodkin

Jan Gorodkin

Professor

Medlem af:


    Udgivelsesår:
    Alle
    101 - 125 ud af 151Pr. side: 25
    Sortering: Udgivelsesdato
    1. 2012
    2. Udgivet

      Comparative ncRNA gene and structure prediction using Foldalign and FoldalignM

      Havgaard, Jakob Hull, Kaur, S. & Gorodkin, Jan, 2012, I: Current Protocols in Bioinformatics. 39, s. 12.11.1-12.11.15 5 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    3. Udgivet

      DeepBlockAlign: a tool for aligning RNA-seq profiles of read block patterns

      Langenberger, D., Pundhir, Sachin, Ekstrøm, Claus Thorn, Stadler, P. F., Hoffmann, S. & Gorodkin, Jan, 2012, I: Bioinformatics. 28, 1, s. 17-24 8 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    4. Udgivet

      Multiple independent analyses reveal only transcription factors as an enriched functional class associated with microRNAs

      Croft, L. J., Szklarczyk, D., Jensen, Lars Juhl & Gorodkin, Jan, 2012, I: B M C Systems Biology. 6, 1, s. 90

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    5. Udgivet

      RILogo: visualising RNA-RNA interactions

      Menzel, K. P., Seemann, Ernst Stefan & Gorodkin, Jan, 2012, I: Bioinformatics. 28, 19, s. 2523-2526 4 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    6. Udgivet

      RIsearch: fast RNA-RNA interaction search using a simplified nearest-neighbor energy model

      Wenzel, Anne, Akbasli, E. & Gorodkin, Jan, 2012, I: Bioinformatics. 28, 21, s. 2738-2746 9 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    7. Udgivet

      Transcripts with in silico predicted RNA structure are enriched everywhere in the mouse brain

      Seemann, Ernst Stefan, Sunkin, S. M., Hawrylycz, M. J., Ruzzo, W. L. & Gorodkin, Jan, 2012, I: BMC Genomics. 13, 1, s. 214-227 14 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    8. 2011
    9. Udgivet

      Fast local fragment chaining using sum-of-pair gap costs

      Otto, C., Hoffmann, S., Gorodkin, Jan & Stadler, P. F., 2011, I: Algorithms for Molecular Biology. 6, 4

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    10. Udgivet

      From structure prediction to genomic screens for novel non-coding RNAs

      Gorodkin, Jan & Hofacker, I. L., 2011, I: PLoS Computational Biology. 7, 8, 13 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    11. Udgivet

      Global microRNA analysis of the NCI-60 cancer cell panel

      Søkilde, R., Kaczkowski, B., Podolska, A., Cirera, Susanna, Gorodkin, Jan, Møller, S. & Litman, T., 2011, I: Molecular Cancer Therapeutics. 10, 3, s. 375-384 10 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    12. Udgivet

      PETcofold: predicting conserved interactions and structures of two multiple alignments of RNA sequences

      Seemann, Ernst Stefan, Richter, A. S., Gesell, T., Backofen, R. & Gorodkin, Jan, 2011, I: Bioinformatics. 27, 2, s. 211-219 9 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    13. Udgivet

      The PETfold and PETcofold web servers for intra- and intermolecular structures of multiple RNA sequences

      Seemann, Ernst Stefan, Menzel, K. P., Backofen, R. & Gorodkin, Jan, 2011, I: Nucleic Acids Research. 39, Suppl. 2, s. W107-W111 5 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    14. Udgivet

      maxAlike: maximum likelihood-based sequence reconstruction with application to improved primer design for unknown sequences

      Menzel, K. P., Stadler, P. F. & Gorodkin, Jan, 2011, I: Bioinformatics. 27, 3, s. 317-325 9 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    15. 2010
    16. Udgivet

      454 pyrosequencing based transcriptome analysis of Zygaena filipendulae with focus on genes involved in biosynthesis of cyanogenic glucosides

      Zagrobelny, Mika, Scheibye-Alsing, K., Jensen, N. B., Møller, Birger Lindberg, Gorodkin, Jan & Bak, Søren, 2010.

      Publikation: Konferencebidrag › Poster › Forskning

    17. Udgivet

      454 pyrosequencing based transcriptome analysis of Zygaena filipendulae with focus on genes involved in biosynthesis of cyanogenic glucosides

      Zagrobelny, Mika, Scheibye-Alsing, K., Jensen, N. B., Møller, Birger Lindberg, Gorodkin, Jan & Bak, Søren, 2010.

      Publikation: Konferencebidrag › Poster › Forskning

    18. Udgivet

      De novo prediction of structured RNAs from genomic sequences

      Gorodkin, Jan, Hofacker, I. L., Þórarinsson, E., Yao, Z., Havgaard, Jakob Hull & Ruzzo, W. L., 2010, I: Trends in Biotechnology. 28, 1, s. 9-19 11 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    19. Udgivet

      A study of alternative splicing in the pig

      Hillig, A. N., Cirera, Susanna, Gilchrist, M. J., Gorodkin, Jan, Jørgensen, Claus Bøttcher & Fredholm, Merete, 2010, I: BMC Research Notes. 3, 123, 12 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    20. Udgivet

      Hierarchical folding of multiple sequence alignments for the prediction of structures and RNA-RNA interactions

      Seemann, Ernst Stefan, Richter, A. S., Gorodkin, Jan & Backofen, R., 2010, I: Algorithms for Molecular Biology. 5, 22, 13 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    21. 2009
    22. Udgivet

      454 pyrosequencing based transcriptome analysis of Zygaena filipendulae with focus on genes involved in biosynthesis of cyanogenic glucosides

      Zagrobelny, Mika, Scheibye-Alsing, K., Jensen, N. B., Møller, Birger Lindberg, Gorodkin, Jan & Bak, Søren, 2009, I: BMC Genomics. 10, 574, 15 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    23. Udgivet

      Genes involved in metabolism of cyanogenic glucosides in Zygaena filipendulae determined by 454 pyrosequencing

      Zagrobelny, Mika, Scheibye-Alsing, K., Jensen, N. B., Møller, Birger Lindberg, Gorodkin, Jan & Bak, Søren, 2009.

      Publikation: Konferencebidrag › Poster › Forskning

    24. Udgivet

      Maximum likelihood estimation of weight matrices for targeted homology search

      Menzel, P., Gorodkin, Jan & Stadler, P. F., 2009, Proceedings of the German Conference on Bioinformatics 2009. Grosse, I., Neumann, S., Posch, S., Schreiber, F. & Stadler, P. (red.). Gesellschaft für Informatik, s. 211-220 10 s. (Lecture Notes in Informatics).

      Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferencebidrag i proceedings › Forskning › fagfællebedømt

    25. Udgivet

      Sequence assembly

      Scheibye-Alsing, K., Hoffmann, S., Frankel, A. M., Jensen, P., Stadler, P. F., Mang, Y., Tommerup, Niels, Gilchrist, M. J., Hillig, A. N., Cirera, Susanna, Jørgensen, Claus Bøttcher, Fredholm, Merete & Gorodkin, Jan, 2009, I: Computational Biology and Chemistry. 33, 2, s. 121-136 16 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt

    26. Udgivet

      Structural profiles of human miRNA families from pairwise clustering

      Kaczkowski, B., Þórarinsson, E., Reiche, K., Havgaard, Jakob Hull, Stadler, P. F. & Gorodkin, Jan, 2009, I: Bioinformatics. 25, 3, s. 291-294 4 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    27. Udgivet

      The tedious task of finding homologous noncoding RNA genes

      Menzel, K. P., Gorodkin, Jan & Stadler, P. F., 2009, I: RNA: A publication of the RNA Society. 15, 12, s. 2075-2082 8 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    28. 2008
    29. Udgivet

      Comparative genomics beyond sequence-based alignments: RNA structures in the ENCODE regions

      Þórarinsson, E., Yao, Z., Wiklund, E. D., Bramsen, J. B., Hansen, C., Kjems, J., Tommerup, Niels, Ruzzo, W. L. & Gorodkin, Jan, 2008, I: Genome Research. 18, 2, s. 242-251 10 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    30. Udgivet

      SNP-finding in pig mitochondrial ESTs

      Scheibye-Alsing, K., Cirera, Susanna, Gilchrist, M. J., Fredholm, Merete & Gorodkin, Jan, 2008, I: Animal Genetics. 39, 2, s. 193-195 3 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    Forrige 1 2 3 4 5 6 7 Næste

    ID: 4356276