Jan Gorodkin
Professor
- Udgivet
CRISPR-Cas9 off-targeting assessment with nucleic acid duplex energy parameters
Alkan, F., Wenzel, Anne, Anthon, Christian, Havgaard, Jakob Hull & Gorodkin, Jan, 2018, I: Genome Biology. 19, 13 s., 177.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
RIsearch2: suffix array-based large-scale prediction of RNA-RNA interactions and siRNA off-targets
Alkan, F., Wenzel, Anne, Palasca, Oana, Kerpedjiev, P., Rudebeck, A. F., Stadler, P. F., Hofacker, I. L. & Gorodkin, Jan, 2017, I: Nucleic Acids Research. 45, 8, 13 s., e60.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Discovery of a divergent HPIV4 from respiratory secretions using second and third generation metagenomic sequencing
Alquezar Planas, D. E., Mourier, T., Bruhn, C. A. W., Hansen, Anders Johannes, Vitcetz, S. N., Mørk, S., Gorodkin, Jan, Nielsen, H. A., Guo, Y., Sethuraman, A., Paxinos, E. E., Shan, T., Delwart, E. L. & Nielsen, L. P., 3 sep. 2013, I: Scientific Reports. 3, 10 s., 2468.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The tmRDB and SRPDB resources
Andersen, E. S., Rosenblad, M. A., Larsen, N., Westergaard, Jesper Cairo, Burks, J., Wower, I. K., Wower, J., Gorodkin, Jan, Samuelsson, T. & Zwieb, C., 2006, I: Nucleic Acids Research. 34, s. D163-D168 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Semiautomated improvement of RNA alignments
Andersen, E. S., Lind-Thomsen, A., Knudsen, B., Kristensen, S. E., Havgaard, Jakob Hull, Torarinsson, E., Larsen, N., Zwieb, C., Sestoft, P., Kjems, J. & Gorodkin, Jan, 2007, I: RNA: A publication of the RNA Society. 13, 11, s. 1850-1859 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Structured RNAs and synteny regions in the pig genome
Anthon, Christian, Tafer, H., Havgaard, Jakob Hull, Thomsen, B., Hedegaard, J., Seemann, Ernst Stefan, Pundhir, Sachin, Kehr, S., Bartschat, S., Nielsen, M., Nielsen, R. O., Fredholm, Merete, Stadler, P. F. & Gorodkin, Jan, 2014, I: BMC Genomics. 15, 27 s., 459.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
CRISPRon/off: CRISPR/Cas9 on- and off-target gRNA design
Anthon, Christian, Corsi, G. I. & Gorodkin, Jan, 2022, I: Bioinformatics. 38, 24, s. 5437-5439 3 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Comparative RNA genomics
Backofen, R., Gorodkin, Jan, Hofacker, I. L. & Stadler, P. F., 2018, Comparative Genomics: Methods and Protocols. Humana Press, Bind 1704. s. 363-400 38 s. (Methods in Molecular Biology, Bind 1704).Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Production of human entorhinal stellate cell-like cells by forward programming shows an important role of Foxp1 in reprogramming
Bergmann, T., Liu, Y., Skov, J., Mogus, L., Lee, J., Pfisterer, U., Handfield, L. F., Asenjo-Martinez, A., Lisa-Vargas, I., Seemann, S. E., Lee, J. T. H., Patikas, N., Kornum, B. R., Denham, M., Hyttel, P., Witter, M. P., Gorodkin, J., Pers, T. H., Hemberg, M., Khodosevich, K. & 1 flere, , 2022, I: Frontiers in Cell and Developmental Biology. 10, 976549.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The developing Entorhinal Cortex – a cellular map
Bergmann, T. B., Liu, Y., Lee, J., Pfisterer, U. G., Asenjo Martinez, A., Seemann, Ernst Stefan, Pihl, M., Thomsen, Preben Dybdahl, Hyttel, P., witter, M., Khodosevich, Konstantin, Gorodkin, Jan, Pers, Tune H & Hall, Vanessa Jane, 2019.Publikation: Konferencebidrag › Konferenceabstrakt til konference › Forskning
- Udgivet
Uncovering the anatomical and molecular landscape of the starting point of Alzheimer’s disease in the brain
Bergmann, T. B., Liu, Y., Lee, J., Pfisterer, U. G., Asenjo Martinez, A., Seemann, Ernst Stefan, Pihl, M., Thomsen, Preben Dybdahl, Hyttel, P., witter, M., Khodosevich, Konstantin, Gorodkin, Jan, Pers, Tune H & Hall, Vanessa Jane, 2019.Publikation: Konferencebidrag › Konferenceabstrakt til konference › Forskning
- Udgivet
The developing Entorhinal cortex - a cellular map
Bergmann, T. B., Liu, Y., Lee, J., Pfisterer, U. G., Handfield, L., Asenjo Martinez, A., Seemann, Ernst Stefan, Witter, M., Khodosevich, Konstantin, Gorodkin, Jan, Hemberg, M., Pers, Tune H & Hall, Vanessa Jane, 25 nov. 2019. 1 s.Publikation: Konferencebidrag › Konferenceabstrakt til konference › Formidling
- Udgivet
The developmental neurogenic niche of the Entorhinal cortex revealed by single-cell transcriptomics.
Bergmann, T. B., Liu, Y., Lee, J., Peralvo Vidal, Juan Miguel, Mori, Yuki, Seemann, Ernst Stefan, Pihl, M., Thomsen, Preben Dybdahl, Hyttel, P., witter, M., Gorodkin, Jan, Hall, Vanessa Jane & Pers, Tune H, 2018.Publikation: Konferencebidrag › Konferenceabstrakt til konference › Forskning
- Udgivet
Profiling of Ribose Methylations in RNA by High-Throughput Sequencing
Birkedal, U., Christensen-Dalsgaard, M., Krogh, Nicolai, Radhakrishnan, S., Gorodkin, Jan & Nielsen, Henrik, 7 jan. 2015, I: Angewandte Chemie (International ed. in English). 54, 2, s. 451-455 5 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
IFN-λ and microRNAs are important modulators of the pulmonary innate immune response against influenza A (H1N2) infection in pigs
Brogaard, L., Larsen, Lars, Heegaard, P. M. H., Anthon, Christian, Gorodkin, Jan, Dürrwald, R. & Skovgaard, K., 2018, I: PLOS ONE. 13, 4, 23 s., e0194765.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Utilizing directed evolution to interrogate and optimize CRISPR/Cas guide RNA scaffolds
Bush, K., Corsi, G. I., Yan, A. C., Haynes, K., Layzer, J. M., Zhou, J. H., Llanga, T., Gorodkin, Jan & Sullenger, B. A., 2023, I: Cell Chemical Biology. 30, 8, s. 879-892.e5Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Progress and harmonization of gene editing to treat human diseases: Proceeding of COST Action CA21113 GenE-HumDi
Cavazza, A., Hendel, A., Bak, R. O., Rio, P., Güell, M., Lainšček, D., Arechavala-Gomeza, V., Peng, L., Hapil, F. Z., Harvey, J., Ortega, F. G., Gonzalez-Martinez, C., Lederer, C. W., Mikkelsen, K., Gasiunas, G., Kalter, N., Gonçalves, M. A. F. V., Petersen, J., Garanto, A., Montoliu, L. & 20 flere, , 2023, I: Molecular Therapy Nucleic Acids. 34, 14 s., 102066.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Mutation in FTD3 CHMP2B causes impaired autography and distorted energy metabolism cumulating in reactive astrocyte phenotypes
Chandrasekaran, A., Dittlau, K. S., Corsi, G., Haukedal, H., Doncheva, N. T., Ramakrishna, S., Ambardar, S., Salcedo, C., Schmidt, S. I., Cirera, S., Pihl, M., Schmid, B., Nielsen, T. T., Nielsen, J., Kolko, M., Kobolak, J., Dinnyes, A., Hyttel, P., Palakodeti, D., Gorodkin, J. & 4 flere, , 2020.Publikation: Konferencebidrag › Konferenceabstrakt til konference › Forskning
- Udgivet
Astrocytic reactivity triggered by defective autophagy and metabolic failure causes neurotoxicity in frontotemporal dementia type 3
Chandrasekaran, A., Dittlau, K. S., Corsi, G. I., Haukedal, H., Doncheva, N. T., Ramakrishna, S., Ambardar, S., Salcedo, C., Schmidt, S. I., Zhang, Y., Cirera, S., Pihl, M., Schmid, B., Nielsen, T. T., Nielsen, J. E., Kolko, M., Kobolák, J., Dinnyés, A., Hyttel, P., Palakodeti, D. & 5 flere, , 2021, I: Stem Cell Reports. 16, 11, s. 2736-2751Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Mutations in FTD3 CHMP2B causes impaired autophagy and distorted energy metabolism cumulating in reactive astrocyte phenotypes
Chandrasekaran, A., Dittlau, K. S., Corsi, G., Doncheva, N. T., Haukedal, H., Ramakrishna, S., Ambardar, S., Salcedo, C., Schmidt, S. I., Cirera, S., Pihl, M., Schmid, B., Nielsen, T. T., Nielsen, J., Kolko, M., Kobolak, J., Dinnyes, A., Hyttel, P., Palakodeti, D., Gorodkin, J. & 4 flere, , 2020.Publikation: Konferencebidrag › Poster › Forskning
- Udgivet
CRISPR/Cas9 gRNA activity depends on free energy changes and on the target PAM context
Corsi, G. I., Qu, Kunli, Alkan, F., Pan, Xiaoguang, Luo, Y. & Gorodkin, Jan, 2022, I: Nature Communications. 13, 14 s., 3006.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
CRISPRroots: On-and off-target assessment of RNA-seq data in CRISPR-Cas9 edited cells
Corsi, G. I., Gadekar, V. P., Gorodkin, Jan & Seemann, Ernst Stefan, 2022, I: Nucleic Acids Research. 50, 4, 12 s., E20.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The transcriptomic landscape of neurons carrying PSEN1 mutations reveals changes in extracellular matrix components and non-coding gene expression
Corsi, G. I., Gadekar, V. P., Haukedal, H., Doncheva, Nadezhda Tsankova, Anthon, Christian, Ambardar, S., Palakodeti, D., Hyttel, P., Freude, Kristine, Seemann, Ernst Stefan & Gorodkin, Jan, 2023, I: Neurobiology of Disease. 178, 17 s., 105980.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Letter to the editor: Testing on external independent datasets is necessary to corroborate machine learning model improvement
Corsi, G. I., Anthon, Christian & Gorodkin, Jan, 2023, I: Bioinformatics. 39, 6, btad327.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Letter › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Good guide, bad guide: spacer sequence-dependent cleavage efficiency of Cas12a
Creutzburg, S. C. A., Wu, W. Y., Mohanraju, P., Swartjes, T., Alkan, F., Gorodkin, Jan, Staals, R. H. J. & van der Oost, J., 2020, I: Nucleic Acids Research. 48, 6, s. 3228-3243 16 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
ID: 4356276
Flest downloads
-
2867
downloads
Porcine transcriptome analysis based on 97 non-normalized cDNA libraries and assembly of 1,021,891 expressed sequence tags
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet -
1378
downloads
454 pyrosequencing based transcriptome analysis of Zygaena filipendulae with focus on genes involved in biosynthesis of cyanogenic glucosides
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet -
1305
downloads
Transcriptome-wide analysis of UTRs in non-small cell lung cancer reveals cancer-related genes with SNV-induced changes on RNA secondary structure and miRNA target sites
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet