Jan Gorodkin
Professor
- 2021
- Udgivet
Development of the entorhinal cortex occurs via parallel lamination during neurogenesis
Liu, Y., Bergmann, T., Mori, Yuki, Peralvo Vidal, Juan Miguel, Pihl, M., Vasistha, Navneet A, Thomsen, Preben Dybdahl, Seemann, Ernst Stefan, Gorodkin, Jan, Hyttel, P., Khodosevich, Konstantin, Witter, M. P. & Hall, Vanessa Jane, 2021, I: Frontiers in Neuroanatomy. 15, 19 s., 663667.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Enhancing CRISPR-Cas9 gRNA efficiency prediction by data integration and deep learning
Xiang, X., Corsi, G. I., Anthon, C., Qu, K., Pan, X., Liang, X., Han, P., Dong, Z., Liu, L., Zhong, J., Ma, T., Wang, J., Zhang, X., Jiang, H., Xu, F., Liu, X., Xu, X., Wang, J., Yang, H., Bolund, L. & 4 flere, , 2021, I: Nature Communications. 12, 1, 9 s., 3238.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Human pathways in animal models: possibilities and limitations
Doncheva, Nadezhda Tsankova, Palasca, Oana, Yarani, R., Litman, Thomas, Anthon, Christian, Groenen, M. A. M., Stadler, P. F., Pociot, Flemming, Jensen, Lars Juhl & Gorodkin, Jan, 2021, I: Nucleic Acids Research. 49, 4, s. 1859-1871 13 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Novel circRNA discovery in sheep shows evidence of high backsplice junction conservation
Varela-Martínez, E., Corsi, G. I., Anthon, Christian, Gorodkin, Jan & Jugo, B. M., 2021, I: Scientific Reports. 11, 1, 11 s., 427.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
RNAcentral 2021: Secondary structure integration, improved sequence search and new member databases
Sweeney, B. A., Petrov, A. I., Ribas, C. E., Finn, R. D., Bateman, A., Szymanski, M., Karlowski, W. M., Seemann, S. E., Gorodkin, J., Cannone, J. J., Gutell, R. R., Kay, S., Marygold, S., Dos Santos, G., Frankish, A., Mudge, J. M., Barshir, R., Fishilevich, S., Chan, P. P., Lowe, T. M. & 26 flere, , 2021, I: Nucleic Acids Research. 49, D1, s. D212-D220Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
iPSC-derived Microglia for Disease Modeling of Frontotemporal Dementia 3
Haukedal, H., Freude, Kristine, Garcia, B. A., Corsi, G., Gadekar, V. & Gorodkin, Jan, 2021, I: Glia. 69, S1, s. E480-E481 T14-066D.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceabstrakt i tidsskrift › Forskning › fagfællebedømt
- 2020
- Udgivet
Patient iPSC-Derived Neorons for Disease Modeling of Familiar Alzheimer's Disease with Mutations in Presenilin 1
Haukedal, H., Poon, A. F., Jensen, P., Aldana, Blanca, Pires, C., Chandrasekaran, Abinaya, Christensen, S. K., Schiønning, P., Vallin, S., Simonsen, A. H., Nielsen, J., Dinnyes, A., Gorodkin, Jan, Ramakrishna, S., Muddashetty, R., Palakodeti, D., Hyttel, P., Waagepetersen, Helle S., Larsen, M. R. & Freude, Kristine, okt. 2020.Publikation: Konferencebidrag › Konferenceabstrakt til konference › Forskning
- Udgivet
Good guide, bad guide: spacer sequence-dependent cleavage efficiency of Cas12a
Creutzburg, S. C. A., Wu, W. Y., Mohanraju, P., Swartjes, T., Alkan, F., Gorodkin, Jan, Staals, R. H. J. & van der Oost, J., 2020, I: Nucleic Acids Research. 48, 6, s. 3228-3243 16 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Mutation in FTD3 CHMP2B causes impaired autography and distorted energy metabolism cumulating in reactive astrocyte phenotypes
Chandrasekaran, A., Dittlau, K. S., Corsi, G., Haukedal, H., Doncheva, N. T., Ramakrishna, S., Ambardar, S., Salcedo, C., Schmidt, S. I., Cirera, S., Pihl, M., Schmid, B., Nielsen, T. T., Nielsen, J., Kolko, M., Kobolak, J., Dinnyes, A., Hyttel, P., Palakodeti, D., Gorodkin, J. & 4 flere, , 2020.Publikation: Konferencebidrag › Konferenceabstrakt til konference › Forskning
- Udgivet
Mutations in FTD3 CHMP2B causes impaired autophagy and distorted energy metabolism cumulating in reactive astrocyte phenotypes
Chandrasekaran, A., Dittlau, K. S., Corsi, G., Doncheva, N. T., Haukedal, H., Ramakrishna, S., Ambardar, S., Salcedo, C., Schmidt, S. I., Cirera, S., Pihl, M., Schmid, B., Nielsen, T. T., Nielsen, J., Kolko, M., Kobolak, J., Dinnyes, A., Hyttel, P., Palakodeti, D., Gorodkin, J. & 4 flere, , 2020.Publikation: Konferencebidrag › Poster › Forskning
- Udgivet
Using GPU to accelerate the pairwise structural RNA alignment with base pair probabilities
Sundfeld, D., Teodoro, G., Havgaard, Jakob Hull, Gorodkin, Jan & Melo, A. C. M. A., 2020, I: Concurrency Computation. 32, 10, e5468.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2019
- Udgivet
The developing Entorhinal cortex - a cellular map
Bergmann, T. B., Liu, Y., Lee, J., Pfisterer, U. G., Handfield, L., Asenjo Martinez, A., Seemann, Ernst Stefan, Witter, M., Khodosevich, Konstantin, Gorodkin, Jan, Hemberg, M., Pers, Tune H & Hall, Vanessa Jane, 25 nov. 2019. 1 s.Publikation: Konferencebidrag › Konferenceabstrakt til konference › Formidling
- Udgivet
Patient iPSC-Derived Neurons for Disease Modeling of Familiar Alzheier's Disease with Mutations in Presenilin 1
Haukedal, H., Poon, A. F., Jensen, P., Aldana, Blanca, Pires, C., Chandrasekaran, Abinaya, Christensen, S. K., Schiønning, P., Vallin, S., Simonsen, A. H., Nielsen, J., Dinnyes, A., Gorodkin, Jan, Ramakrishna, S., Muddashetty, R., Palakodeti, D., Hyttel, P., Waagepetersen, Helle S., Larsen, M. R. & Freude, Kristine, 26 mar. 2019.Publikation: Konferencebidrag › Poster › Formidling
- Udgivet
A splice-site variant in the lncRNA gene RP1-140A9.1 cosegregates in the large Volkmann cataract family
Eiberg, Hans Rudolf Lytchoff, Mikkelsen, Annemette Friis, Bak, M., Tommerup, Niels, Lund, A. M., Wenzel, Anne, Sabarinathan, R., Gorodkin, Jan, Bang-Berthelsen, C. H. & Hansen, Lars, 2019, I: Molecular Vision. 25, s. 1-11 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Cytoscape stringApp: Network analysis and visualization of proteomics data
Doncheva, Nadezhda Tsankova, Morris, J., Gorodkin, Jan & Jensen, Lars Juhl, 2019, I: Journal of Proteome Research. 18, 2, s. 623-632Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Epigenetic and Transcriptomic Characterization of Pure Adipocyte Fractions From Obese Pigs Identifies Candidate Pathways Controlling Metabolism
Jacobsen, M. J., Havgaard, Jakob Hull, Anthon, Christian, Mentzel, Caroline M. Junker, Cirera, Susanna, Krogh, P. M., Pundhir, Sachin, Karlskov-Mortensen, Peter, Bruun, C. S., Lesnik, P., Guerin, M., Gorodkin, Jan, Jørgensen, Claus Bøttcher, Fredholm, Merete & Barrès, Romain, 2019, I: Frontiers in Genetics. 10, 13 s., 1268.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Inferring disease-associated long non-coding RNAs using genome - wide tissue expression profiles
Pan, X., Jensen, Lars Juhl & Gorodkin, Jan, 2019, I: Bioinformatics. 35, 9, s. 1494-1502 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Production of stellate cells from induced pluripotent stem cells to study Alzheimer's disease pathology
Mogus, L., Bergmann, T. B., Liu, Y., Lee, J., Pfisterer, U. G., Handfield, L., Asenjo Martinez, A., Seemann, Ernst Stefan, Witter, M., Khodosevich, Konstantin, Gorodkin, Jan, Hemberg, M., Pers, Tune H & Hall, Vanessa Jane, 2019. 1 s.Publikation: Konferencebidrag › Konferenceabstrakt til konference › Formidling
- Udgivet
RNAcentral: a hub of information for non-coding RNA sequences
The RNAcentral Constortium , T., Gorodkin, Jan & Seemann, Ernst Stefan, 2019, I: Nucleic Acids Research. 47, D1, s. D221–D229Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Sandwich cortial lamination and single-cell analysis decodes the developing spatial processing system
Liu, Y., Bergmann, T. B., Lee, J., Pfisterer, U. G., Handfield, L-F., Mori, Y., Asenjo Martinez, A., Lisa Vargas, I., Seemann, E. S., Lee, J. T. H., Patikis, N., Peralvo Vidal, J. M., Pihl, M., Kornum, B. R., Thomsen, P. D., Hyttel, P., Witter, M., Khodosevich, K., Gorodkin, J., Hemberg, M. & 2 flere, , 2019. 45 s.Publikation: Konferencebidrag › Paper › Formidling
- Udgivet
Special issue: Computational analysis of RNA structure and function
Gorodkin, Jan, 2019, I: Genes. 10, 1, 3 s., 55.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Leder › Forskning
- Udgivet
The developing Entorhinal Cortex – a cellular map
Bergmann, T. B., Liu, Y., Lee, J., Pfisterer, U. G., Asenjo Martinez, A., Seemann, Ernst Stefan, Pihl, M., Thomsen, Preben Dybdahl, Hyttel, P., witter, M., Khodosevich, Konstantin, Gorodkin, Jan, Pers, Tune H & Hall, Vanessa Jane, 2019.Publikation: Konferencebidrag › Konferenceabstrakt til konference › Forskning
- Udgivet
Transcriptome landscape of protein-coding genes and long noncoding RNAs in the colon and blood of DSS-induced mouse model of Acute ulcerative colitis
Yarani, R., Palasca, Oana, Doncheva, Nadezhda Tsankova, Anthon, Christian, Pilecki, B., Litman, Thomas, Holmskov, U., Jensen, Lars Juhl, Gorodkin, Jan & Pociot, Flemming, 2019, I: Journal of Crohn's and Colitis. 13, s. S129-S130Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceabstrakt i tidsskrift › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Uncovering the anatomical and molecular landscape of the starting point of Alzheimer’s disease in the brain
Bergmann, T. B., Liu, Y., Lee, J., Pfisterer, U. G., Asenjo Martinez, A., Seemann, Ernst Stefan, Pihl, M., Thomsen, Preben Dybdahl, Hyttel, P., witter, M., Khodosevich, Konstantin, Gorodkin, Jan, Pers, Tune H & Hall, Vanessa Jane, 2019.Publikation: Konferencebidrag › Konferenceabstrakt til konference › Forskning
- 2018
- Udgivet
Multiple Sequence Alignments Enhance Boundary Definition of RNA Structures
Sabarinathan, R., Anthon, Christian, Gorodkin, Jan & Seemann, Ernst Stefan, 4 dec. 2018, I: Genes. 9, 12, 17 s., 604.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
ID: 4356276
Flest downloads
-
2867
downloads
Porcine transcriptome analysis based on 97 non-normalized cDNA libraries and assembly of 1,021,891 expressed sequence tags
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet -
1378
downloads
454 pyrosequencing based transcriptome analysis of Zygaena filipendulae with focus on genes involved in biosynthesis of cyanogenic glucosides
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet -
1305
downloads
Transcriptome-wide analysis of UTRs in non-small cell lung cancer reveals cancer-related genes with SNV-induced changes on RNA secondary structure and miRNA target sites
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet