Jakob Hull Havgaard
Lektor
Sektion, Preclinical Disease Biology
Ridebanevej 9, 1870 Frederiksberg C
- 2022
- Udgivet
The Bacillaceae-1 RNA motif comprises two distinct classes
González-Tortuero, E., Anthon, Christian, Havgaard, Jakob Hull, Geissler, Adrian Sven, Breüner, A., Hjort, C., Gorodkin, Jan & Seemann, Ernst Stefan, 2022, I: Gene. 841, 146756.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2020
- Udgivet
Using GPU to accelerate the pairwise structural RNA alignment with base pair probabilities
Sundfeld, D., Teodoro, G., Havgaard, Jakob Hull, Gorodkin, Jan & Melo, A. C. M. A., 2020, I: Concurrency Computation. 32, 10, e5468.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2019
- Udgivet
Epigenetic and Transcriptomic Characterization of Pure Adipocyte Fractions From Obese Pigs Identifies Candidate Pathways Controlling Metabolism
Jacobsen, M. J., Havgaard, Jakob Hull, Anthon, Christian, Mentzel, Caroline M. Junker, Cirera, Susanna, Krogh, P. M., Pundhir, Sachin, Karlskov-Mortensen, Peter, Bruun, C. S., Lesnik, P., Guerin, M., Gorodkin, Jan, Jørgensen, Claus Bøttcher, Fredholm, Merete & Barrès, Romain, 2019, I: Frontiers in Genetics. 10, 13 s., 1268.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2018
- Udgivet
CRISPR-Cas9 off-targeting assessment with nucleic acid duplex energy parameters
Alkan, F., Wenzel, Anne, Anthon, Christian, Havgaard, Jakob Hull & Gorodkin, Jan, 2018, I: Genome Biology. 19, 13 s., 177.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2017
- Udgivet
Assessing the miRNA sponge potential of RUNX1T1 in t(8;21) acute myeloid leukemia
Junge, A., Zandi, R., Havgaard, Jakob Hull, Gorodkin, Jan & Cowland, J. B., 2017, I: Gene. 615, s. 35-40 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Alignment-free comparative genomic screen for structured RNAs using coarse-grained secondary structure dot plots
Kato, Y., Gorodkin, Jan & Havgaard, Jakob Hull, dec. 2017, I: BMC Genomics. 18, 1, 935.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
RNAscClust: Clustering RNA sequences using structure conservation and graph based motifs
Miladi, M., Junge, A., Costa, F., Seemann, Ernst Stefan, Havgaard, Jakob Hull, Gorodkin, Jan & Backofen, R., 2017, I: Bioinformatics. 33, 14, s. 2089-2096 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
CUDA-Sankoff: Using GPU to Accelerate the Pairwise Structural RNA Alignment
Sundfeld, D., Havgaard, Jakob Hull, Gorodkin, Jan & De Melo, A. C. M. A., 2017, Proceedings: 2017 25th Euromicro International Conference on Parallel, Distributed and Network-Based Processing, PDP 2017. IEEE, s. 295-302 8 s. 7912663Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferencebidrag i proceedings › Forskning › fagfællebedømt
- 2016
- Udgivet
Adipocyte gene expression and DNA methylation patterns differ significantly between lean and obese pigs
Jacobsen, M. J., Havgaard, Jakob Hull, Mentzel, Caroline M. Junker, Sørensen, P. M., Pundhir, Sachin, Anthon, Christian, Karlskov-Mortensen, Peter, Bruun, Camilla Vibeke Sichlau, Cirera, Susanna, Gorodkin, Jan, Jørgensen, Claus Bøttcher, Barrès, Romain & Fredholm, Merete, 9 nov. 2016, I: Journal of Animal Science. 94, Supplement 4, s. 46-47 2 s., P2019.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceabstrakt i tidsskrift › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Foldalign 2.5: multithreaded implementation for pairwise structural RNA alignment
Sundfeld, D., Havgaard, Jakob Hull, de Melo, A. C. M. A. & Gorodkin, Jan, 2016, I: Bioinformatics. 32, 8, s. 1238-1240 3 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2015
- Udgivet
Optimizing RNA structures by sequence extensions using RNAcop
Hecker, N., Christensen-Dalsgaard, M., Seemann, Ernst Stefan, Havgaard, Jakob Hull, Stadler, P. F., Hofacker, I. L., Nielsen, Henrik & Gorodkin, Jan, 2015, I: Nucleic Acids Research. 43, 17, s. 8135-8145 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2014
- Udgivet
Structured RNAs and synteny regions in the pig genome
Anthon, Christian, Tafer, H., Havgaard, Jakob Hull, Thomsen, B., Hedegaard, J., Seemann, Ernst Stefan, Pundhir, Sachin, Kehr, S., Bartschat, S., Nielsen, M., Nielsen, R. O., Fredholm, Merete, Stadler, P. F. & Gorodkin, Jan, 2014, I: BMC Genomics. 15, 27 s., 459.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
RNA Structural Alignments, Part I: Sankoff-Based Approaches for Structural Alignments
Havgaard, Jakob Hull & Gorodkin, Jan, 2014, RNA Sequence, Structure, and Function: Computational and Bioinformatic Methods. Gorodkin, J. & Ruzzo, W. L. (red.). s. 275-90 16 s. (Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)).Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt
- 2012
- Udgivet
Comparative ncRNA gene and structure prediction using Foldalign and FoldalignM
Havgaard, Jakob Hull, Kaur, S. & Gorodkin, Jan, 2012, I: Current Protocols in Bioinformatics. 39, s. 12.11.1-12.11.15 5 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2010
- Udgivet
De novo prediction of structured RNAs from genomic sequences
Gorodkin, Jan, Hofacker, I. L., Þórarinsson, E., Yao, Z., Havgaard, Jakob Hull & Ruzzo, W. L., 2010, I: Trends in Biotechnology. 28, 1, s. 9-19 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2009
- Udgivet
Structural profiles of human miRNA families from pairwise clustering
Kaczkowski, B., Þórarinsson, E., Reiche, K., Havgaard, Jakob Hull, Stadler, P. F. & Gorodkin, Jan, 2009, I: Bioinformatics. 25, 3, s. 291-294 4 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2007
- Udgivet
Semiautomated improvement of RNA alignments
Andersen, E. S., Lind-Thomsen, A., Knudsen, B., Kristensen, S. E., Havgaard, Jakob Hull, Torarinsson, E., Larsen, N., Zwieb, C., Sestoft, P., Kjems, J. & Gorodkin, Jan, 2007, I: RNA: A publication of the RNA Society. 13, 11, s. 1850-1859 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Porcine transcriptome analysis based on 97 non-normalized cDNA libraries and assembly of 1,021,891 expressed sequence tags
Gorodkin, J., Cirera, S., Hedegaard, J., Gilchrist, M. J., Panitz, F., Jørgensen, C., Scheibye-Knudsen, K., Arvin, T., Lumholdt, S., Sawera, M., Green, T., Nielsen, B., Havgaard, J. H., Rosenkilde, C., Wang, J., Li, H., Li, R., Liu, B., Hu, S., Dong, W. & 16 flere, , 2007, I: Genome Biology. 8, R45, s. R45 16 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Fast pairwise structural RNA alignments by pruning of the dynamical programming matrix
Havgaard, Jakob Hull, Torarinsson, E. & Gorodkin, Jan, 2007, I: PLoS Computational Biology. 3, 10, s. 1896-1908 13 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Structural alignment of RNA with FOLDALIGN
Havgaard, Jakob Hull, 2007, Frederiksberg: Center for Skov, Landskab og Planlægning/Københavns Universitet. 128 s.Publikation: Bog/antologi/afhandling/rapport › Ph.d.-afhandling › Forskning
- Udgivet
SNP mining porcine ESTs with MAVIANT, a novel tool for SNP evaluation and annotation
Panitz, F., Stengaard, H., Hornshøj, H., Gorodkin, J., Hedegaard, J., Cirera, S., Thomsen, B. S., Madsen, L. B., Høj, A., Vingborg, R., Zahn, B., Wang, X., Wang, X., Wernersson, R., Jørgensen, C. B., Scheibye-Knudsen, K., Arvin, T., Lumholdt, S., Sawera, M., Green, T. & 5 flere, , 2007, I: Bioinformatics. 23, 13, s. i387-91 5 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Multiple structural alignment and clustering of RNA sequences: sequence analysis
Torarinsson, E., Havgaard, Jakob Hull & Gorodkin, Jan, 2007, I: Bioinformatics. 23, 8, s. 926-32 7 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2006
- Udgivet
MicroRNA sequence motifs reveal asymmetry between the stem arms
Gorodkin, Jan, Havgaard, Jakob Hull, Ensterö, M., Sawera, M., Jensen, P., Öhman, M. & Fredholm, Merete, 2006, I: Computational Biology and Chemistry. 30, 4, s. 249-254 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Thousands of corresponding human and mouse genomic regions unalignable in primary sequence contain common RNA structure
Torarinsson, E., Sawera, M., Havgaard, Jakob Hull, Fredholm, Merete & Gorodkin, Jan, 2006, I: Genome Research. 16, 7, s. 885-889 5 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2005
- Udgivet
Pairwise local structural alignment of RNA sequences with sequence similarity less than 40%
Havgaard, Jakob Hull, Lyngsø, R. B., Stormo, G. D. & Gorodkin, Jan, 2005, I: Bioinformatics. 21, 9, s. 1815-1824 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The FOLDALIGN web server for pairwise structural RNA alignment and mutual motif search
Havgaard, Jakob Hull, Lyngsø, R. B. & Gorodkin, Jan, 2005, I: Nucleic Acids Research. 33, s. W650-W653 4 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
ID: 4240647
Flest downloads
-
2867
downloads
Porcine transcriptome analysis based on 97 non-normalized cDNA libraries and assembly of 1,021,891 expressed sequence tags
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet -
1257
downloads
Fast pairwise structural RNA alignments by pruning of the dynamical programming matrix
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet -
879
downloads
Structured RNAs and synteny regions in the pig genome
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet