Jakob Hull Havgaard

Jakob Hull Havgaard

Lektor

ORCID: 0000-0002-4816-814X

Udgivelsesår:
Alle
1 - 25 ud af 26Pr. side: 25
Sortering: Udgivelsesdato
  1. 2022
  2. Udgivet

    The Bacillaceae-1 RNA motif comprises two distinct classes

    González-Tortuero, E., Anthon, Christian, Havgaard, Jakob Hull, Geissler, Adrian Sven, Breüner, A., Hjort, C., Gorodkin, Jan & Seemann, Ernst Stefan, 2022, I: Gene. 841, 146756.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  3. 2020
  4. Udgivet

    Using GPU to accelerate the pairwise structural RNA alignment with base pair probabilities

    Sundfeld, D., Teodoro, G., Havgaard, Jakob Hull, Gorodkin, Jan & Melo, A. C. M. A., 2020, I: Concurrency Computation. 32, 10, e5468.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  5. 2019
  6. Udgivet

    Epigenetic and Transcriptomic Characterization of Pure Adipocyte Fractions From Obese Pigs Identifies Candidate Pathways Controlling Metabolism

    Jacobsen, M. J., Havgaard, Jakob Hull, Anthon, Christian, Mentzel, Caroline M. Junker, Cirera, Susanna, Krogh, P. M., Pundhir, Sachin, Karlskov-Mortensen, Peter, Bruun, C. S., Lesnik, P., Guerin, M., Gorodkin, Jan, Jørgensen, Claus Bøttcher, Fredholm, Merete & Barrès, Romain, 2019, I: Frontiers in Genetics. 10, 13 s., 1268.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  7. 2018
  8. Udgivet

    CRISPR-Cas9 off-targeting assessment with nucleic acid duplex energy parameters

    Alkan, F., Wenzel, Anne, Anthon, Christian, Havgaard, Jakob Hull & Gorodkin, Jan, 2018, I: Genome Biology. 19, 13 s., 177.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  9. 2017
  10. Udgivet

    Alignment-free comparative genomic screen for structured RNAs using coarse-grained secondary structure dot plots

    Kato, Y., Gorodkin, Jan & Havgaard, Jakob Hull, dec. 2017, I: BMC Genomics. 18, 1, 935.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  11. Udgivet

    Assessing the miRNA sponge potential of RUNX1T1 in t(8;21) acute myeloid leukemia

    Junge, A., Zandi, R., Havgaard, Jakob Hull, Gorodkin, Jan & Cowland, J. B., 2017, I: Gene. 615, s. 35-40 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  12. Udgivet

    CUDA-Sankoff: Using GPU to Accelerate the Pairwise Structural RNA Alignment

    Sundfeld, D., Havgaard, Jakob Hull, Gorodkin, Jan & De Melo, A. C. M. A., 2017, Proceedings: 2017 25th Euromicro International Conference on Parallel, Distributed and Network-Based Processing, PDP 2017. IEEE, s. 295-302 8 s. 7912663

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferencebidrag i proceedings › Forskning › fagfællebedømt

  13. Udgivet

    RNAscClust: Clustering RNA sequences using structure conservation and graph based motifs

    Miladi, M., Junge, A., Costa, F., Seemann, Ernst Stefan, Havgaard, Jakob Hull, Gorodkin, Jan & Backofen, R., 2017, I: Bioinformatics. 33, 14, s. 2089-2096 8 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  14. 2016
  15. Udgivet

    Adipocyte gene expression and DNA methylation patterns differ significantly between lean and obese pigs

    Jacobsen, M. J., Havgaard, Jakob Hull, Mentzel, Caroline M. Junker, Sørensen, P. M., Pundhir, Sachin, Anthon, Christian, Karlskov-Mortensen, Peter, Bruun, Camilla Vibeke Sichlau, Cirera, Susanna, Gorodkin, Jan, Jørgensen, Claus Bøttcher, Barrès, Romain & Fredholm, Merete, 9 nov. 2016, I: Journal of Animal Science. 94, Supplement 4, s. 46-47 2 s., P2019.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceabstrakt i tidsskrift › Forskning › fagfællebedømt

  16. Udgivet

    Foldalign 2.5: multithreaded implementation for pairwise structural RNA alignment

    Sundfeld, D., Havgaard, Jakob Hull, de Melo, A. C. M. A. & Gorodkin, Jan, 2016, I: Bioinformatics. 32, 8, s. 1238-1240 3 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  17. 2015
  18. Udgivet

    Optimizing RNA structures by sequence extensions using RNAcop

    Hecker, N., Christensen-Dalsgaard, M., Seemann, Ernst Stefan, Havgaard, Jakob Hull, Stadler, P. F., Hofacker, I. L., Nielsen, Henrik & Gorodkin, Jan, 2015, I: Nucleic Acids Research. 43, 17, s. 8135-8145 11 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  19. 2014
  20. Udgivet

    RNA Structural Alignments, Part I: Sankoff-Based Approaches for Structural Alignments

    Havgaard, Jakob Hull & Gorodkin, Jan, 2014, RNA Sequence, Structure, and Function: Computational and Bioinformatic Methods. Gorodkin, J. & Ruzzo, W. L. (red.). s. 275-90 16 s. (Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)).

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt

  21. Udgivet

    Structured RNAs and synteny regions in the pig genome

    Anthon, Christian, Tafer, H., Havgaard, Jakob Hull, Thomsen, B., Hedegaard, J., Seemann, Ernst Stefan, Pundhir, Sachin, Kehr, S., Bartschat, S., Nielsen, M., Nielsen, R. O., Fredholm, Merete, Stadler, P. F. & Gorodkin, Jan, 2014, I: BMC Genomics. 15, 27 s., 459.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  22. 2012
  23. Udgivet

    Comparative ncRNA gene and structure prediction using Foldalign and FoldalignM

    Havgaard, Jakob Hull, Kaur, S. & Gorodkin, Jan, 2012, I: Current Protocols in Bioinformatics. 39, s. 12.11.1-12.11.15 5 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  24. 2010
  25. Udgivet

    De novo prediction of structured RNAs from genomic sequences

    Gorodkin, Jan, Hofacker, I. L., Þórarinsson, E., Yao, Z., Havgaard, Jakob Hull & Ruzzo, W. L., 2010, I: Trends in Biotechnology. 28, 1, s. 9-19 11 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  26. 2009
  27. Udgivet

    Structural profiles of human miRNA families from pairwise clustering

    Kaczkowski, B., Þórarinsson, E., Reiche, K., Havgaard, Jakob Hull, Stadler, P. F. & Gorodkin, Jan, 2009, I: Bioinformatics. 25, 3, s. 291-294 4 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  28. 2007
  29. Udgivet

    Fast pairwise structural RNA alignments by pruning of the dynamical programming matrix

    Havgaard, Jakob Hull, Torarinsson, E. & Gorodkin, Jan, 2007, I: PLoS Computational Biology. 3, 10, s. 1896-1908 13 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  30. Udgivet

    Multiple structural alignment and clustering of RNA sequences: sequence analysis

    Torarinsson, E., Havgaard, Jakob Hull & Gorodkin, Jan, 2007, I: Bioinformatics. 23, 8, s. 926-32 7 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  31. Udgivet

    Porcine transcriptome analysis based on 97 non-normalized cDNA libraries and assembly of 1,021,891 expressed sequence tags

    Gorodkin, J., Cirera, S., Hedegaard, J., Gilchrist, M. J., Panitz, F., Jørgensen, C., Scheibye-Knudsen, K., Arvin, T., Lumholdt, S., Sawera, M., Green, T., Nielsen, B., Havgaard, J. H., Rosenkilde, C., Wang, J., Li, H., Li, R., Liu, B., Hu, S., Dong, W. & 16 flere, Li, W., Yu, J., Wang, J., Staefeldt, H., Wernersson, R., Madsen, L. B., Thomsen, B. S., Hornshøj, H., Bujie, Z., Wang, X., Wang, X., Bolund, L., Brunak, Søren, Yang, H., Bendixen, C. & Fredholm, Merete, 2007, I: Genome Biology. 8, R45, s. R45 16 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  32. Udgivet

    SNP mining porcine ESTs with MAVIANT, a novel tool for SNP evaluation and annotation

    Panitz, F., Stengaard, H., Hornshøj, H., Gorodkin, J., Hedegaard, J., Cirera, S., Thomsen, B. S., Madsen, L. B., Høj, A., Vingborg, R., Zahn, B., Wang, X., Wang, X., Wernersson, R., Jørgensen, C. B., Scheibye-Knudsen, K., Arvin, T., Lumholdt, S., Sawera, M., Green, T. & 5 flere, Nielsen, B., Havgaard, Jakob Hull, Brunak, Søren, Fredholm, Merete & Bendixen, C., 2007, I: Bioinformatics. 23, 13, s. i387-91 5 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  33. Udgivet

    Semiautomated improvement of RNA alignments

    Andersen, E. S., Lind-Thomsen, A., Knudsen, B., Kristensen, S. E., Havgaard, Jakob Hull, Torarinsson, E., Larsen, N., Zwieb, C., Sestoft, P., Kjems, J. & Gorodkin, Jan, 2007, I: RNA: A publication of the RNA Society. 13, 11, s. 1850-1859 10 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  34. Udgivet

    Structural alignment of RNA with FOLDALIGN

    Havgaard, Jakob Hull, 2007, Frederiksberg: Center for Skov, Landskab og Planlægning/Københavns Universitet. 128 s.

    Publikation: Bog/antologi/afhandling/rapport › Ph.d.-afhandling › Forskning

  35. 2006
  36. Udgivet

    MicroRNA sequence motifs reveal asymmetry between the stem arms

    Gorodkin, Jan, Havgaard, Jakob Hull, Ensterö, M., Sawera, M., Jensen, P., Öhman, M. & Fredholm, Merete, 2006, I: Computational Biology and Chemistry. 30, 4, s. 249-254 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  37. Udgivet

    Thousands of corresponding human and mouse genomic regions unalignable in primary sequence contain common RNA structure

    Torarinsson, E., Sawera, M., Havgaard, Jakob Hull, Fredholm, Merete & Gorodkin, Jan, 2006, I: Genome Research. 16, 7, s. 885-889 5 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  38. 2005
  39. Udgivet

    Pairwise local structural alignment of RNA sequences with sequence similarity less than 40%

    Havgaard, Jakob Hull, Lyngsø, R. B., Stormo, G. D. & Gorodkin, Jan, 2005, I: Bioinformatics. 21, 9, s. 1815-1824 10 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Forrige 1 2 Næste

ID: 4240647