Jan Gorodkin

Jan Gorodkin

Professor

Medlem af:


    Udgivelsesår:
    Alle
    1 - 25 ud af 151Pr. side: 25
    Sortering: Titel
    1. Udgivet

      454 pyrosequencing based transcriptome analysis of Zygaena filipendulae with focus on genes involved in biosynthesis of cyanogenic glucosides

      Zagrobelny, Mika, Scheibye-Alsing, K., Jensen, N. B., Møller, Birger Lindberg, Gorodkin, Jan & Bak, Søren, 2009, I: BMC Genomics. 10, 574, 15 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    2. Udgivet

      454 pyrosequencing based transcriptome analysis of Zygaena filipendulae with focus on genes involved in biosynthesis of cyanogenic glucosides

      Zagrobelny, Mika, Scheibye-Alsing, K., Jensen, N. B., Møller, Birger Lindberg, Gorodkin, Jan & Bak, Søren, 2010.

      Publikation: Konferencebidrag › Poster › Forskning

    3. Udgivet

      454 pyrosequencing based transcriptome analysis of Zygaena filipendulae with focus on genes involved in biosynthesis of cyanogenic glucosides

      Zagrobelny, Mika, Scheibye-Alsing, K., Jensen, N. B., Møller, Birger Lindberg, Gorodkin, Jan & Bak, Søren, 2010.

      Publikation: Konferencebidrag › Poster › Forskning

    4. Udgivet

      De novo prediction of structured RNAs from genomic sequences

      Gorodkin, Jan, Hofacker, I. L., Þórarinsson, E., Yao, Z., Havgaard, Jakob Hull & Ruzzo, W. L., 2010, I: Trends in Biotechnology. 28, 1, s. 9-19 11 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    5. Udgivet

      De Novo Discovery of Structured ncRNA Motifs in Genomic Sequences

      Ruzzo, W. L. & Gorodkin, Jan, 2014, RNA Sequence, Structure, and Function: Computational and Bioinformatic Methods. Gorodkin, J. & Ruzzo, W. L. (red.). Bind 1097. s. 303-18 16 s. (Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)).

      Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt

    6. Udgivet

      A high-resolution comparative map between pig chromosome 17 and human chromosomes 4, 8, and 20: Identification of synteny breakpoints

      Lahbib-Mansais, Y., Karlskov-Mortensen, Peter, Mompart, F., Milan, D., Jørgensen, Claus Bøttcher, Cirera, Susanna, Gorodkin, Jan, Faraut, T., Yerle, M. & Fredholm, Merete, 2005, I: Genomics. 86, 4, s. 405-413 9 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    7. Udgivet

      A non-enzymatic, isothermal strand displacement and amplification assay for rapid detection of SARS-CoV-2 RNA

      Mohammadniaei, M., Zhang, M., Ashley, J., Christensen, U. B., Friis-Hansen, L. J., Gregersen, R., Lisby, J. G., Benfield, Thomas, Nielsen, F. E., Henning Rasmussen, J., Pedersen, E. B., Olinger, A. C. R., Kolding, L. T., Naseri, M., Zheng, T., Wang, W., Gorodkin, Jan & Sun, Y., 2021, I: Nature Communications. 12, 5089.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    8. Udgivet

      A splice-site variant in the lncRNA gene RP1-140A9.1 cosegregates in the large Volkmann cataract family

      Eiberg, Hans Rudolf Lytchoff, Mikkelsen, Annemette Friis, Bak, M., Tommerup, Niels, Lund, A. M., Wenzel, Anne, Sabarinathan, R., Gorodkin, Jan, Bang-Berthelsen, C. H. & Hansen, Lars, 2019, I: Molecular Vision. 25, s. 1-11 11 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    9. Udgivet

      A study of alternative splicing in the pig

      Hillig, A. N., Cirera, Susanna, Gilchrist, M. J., Gorodkin, Jan, Jørgensen, Claus Bøttcher & Fredholm, Merete, 2010, I: BMC Research Notes. 3, 123, 12 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    10. Udgivet

      Adipocyte gene expression and DNA methylation patterns differ significantly between lean and obese pigs

      Jacobsen, M. J., Havgaard, Jakob Hull, Mentzel, Caroline M. Junker, Sørensen, P. M., Pundhir, Sachin, Anthon, Christian, Karlskov-Mortensen, Peter, Bruun, Camilla Vibeke Sichlau, Cirera, Susanna, Gorodkin, Jan, Jørgensen, Claus Bøttcher, Barrès, Romain & Fredholm, Merete, 9 nov. 2016, I: Journal of Animal Science. 94, Supplement 4, s. 46-47 2 s., P2019.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceabstrakt i tidsskrift › Forskning › fagfællebedømt

    11. Udgivet

      Alignment-free comparative genomic screen for structured RNAs using coarse-grained secondary structure dot plots

      Kato, Y., Gorodkin, Jan & Havgaard, Jakob Hull, dec. 2017, I: BMC Genomics. 18, 1, 935.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    12. Udgivet

      Alteration of microglial metabolism and inflammatory profile contributes to neurotoxicity in a hiPSC-derived microglia model of frontotemporal dementia 3

      Haukedal, H., Syshøj Lorenzen, S., Westi, Emil Winther, Corsi, G., Gadekar, V. P., McQuade, A., Davtyan, H., Doncheva, Nadezhda Tsankova, Schmid, B., Chandrasekaran, Abinaya, Seemann, Ernst Stefan, Cirera, Susanna, Blurton-Jones, M., Meyer, M., Gorodkin, Jan, Aldana, Blanca & Freude, Kristine, 2023, I: Brain, Behavior, and Immunity. 113, s. 353-373

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    13. Udgivet

      Analyses of pig genomes provide insight into porcine demography and evolution

      Groenen, M. A., Archibald, A. L., Uenishi, H., Tuggle, C. K., Takeuchi, Y., Rothschild, M. F., Rogel-Gaillard, C., Park, C., Milan, D., Megens, H-J., Li, S., Larkin, D. M., Kim, H., Frantz, L. A. F., Caccamo, M., Ahn, H., Aken, B. L., Anselmo, A., Anthon, C., Auvil, L. & 116 flere, Badaoui, B., Beattie, C. W., Bendixen, C., Berman, D., Blecha, F., Blomberg, J., Bolund, L., Bosse, M., Botti, S., Zhan, B., Bystrom, M., Capitanu, B., Carvalho-Silva, D., Chardon, P., Chen, C., Cheng, R., Choi, S., Chow, W., Clark, R. C., Clee, C., Crooijmans, R. P. M. A., Dawson, H. D., Dehais, P., Sapio, F. D., Dibbits, B., Drou, N., Du, Z., Eversole, K., Fadista, J., Fairley, S., Faraut, T., Faulkner, G. J., Fowler, K. E., Fredholm, Merete, Fritz, E., Gilbert, J. G. R., Giuffra, E., Gorodkin, Jan, Griffin, D. K., Harrow, J. L., Hayward, A., Howe, K., Hu, Z., Humphray, S. J., Hunt, T., Jensen, H. H., Jeon, J., Jern, P., Jones, M., Jurka, J., Kanamori, H., Kapetanovic, R., Kim, J., Kim, J., Kim, K., Kim, T., Larson, G., Lee, K., Lee, K., Leggett, R., Lewin, H. A., Li, Y., Liu, W., Loveland, J. E., Lu, Y., Lunney, J. K., Ma, J., Madsen, O., Mann, K., Matthews, L., McLaren, S., Morozumi, T., Murtaugh, M. P., Narayan, J., Nguyen, D. T., Ni, P., Oh, S., Onteru, S., Panitz, F., Park, E., Park, H., Pascal, G., Paudel, Y., Perez-Enciso, M., Ramirez-Gonzalez, R., Reecy, J. M., Rodriguez-Zas, S., Rohrer, G. A., Rund, L., Sang, Y., Schachtschneider, K., Schraiber, J. G., Schwartz, J., Scobie, L., Scott, C., Searle, S., Servin, B., Southey, B. R., Sperber, G., Stadler, P., Sweedler, J. V., Tafer, H., Thomsen, B., Wali, R., Wang, J., Wang, J., White, S., Xu, X., Yerke, M., Zhang, G., Zhang, J., Zhang, J., Zhao, S., Rogers, J., Churcher, C. & Schook, L. B., 2012, I: Nature. 491, 7424, s. 393-398 6 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    14. Udgivet

      Assessing the miRNA sponge potential of RUNX1T1 in t(8;21) acute myeloid leukemia

      Junge, A., Zandi, R., Havgaard, Jakob Hull, Gorodkin, Jan & Cowland, J. B., 2017, I: Gene. 615, s. 35-40 6 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    15. Udgivet

      Associating transcription factors and conserved RNA structures with gene regulation in the human brain

      Hecker, N., Seemann, Ernst Stefan, Silahtaroglu, Asli, Ruzzo, W. L. & Gorodkin, Jan, 2017, I: Scientific Reports. 7, 1, 16 s., 5776.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    16. Udgivet

      Astrocytic reactivity triggered by defective autophagy and metabolic failure causes neurotoxicity in frontotemporal dementia type 3

      Chandrasekaran, A., Dittlau, K. S., Corsi, G. I., Haukedal, H., Doncheva, N. T., Ramakrishna, S., Ambardar, S., Salcedo, C., Schmidt, S. I., Zhang, Y., Cirera, S., Pihl, M., Schmid, B., Nielsen, T. T., Nielsen, J. E., Kolko, M., Kobolák, J., Dinnyés, A., Hyttel, P., Palakodeti, D. & 5 flere, Gorodkin, Jan, Muddashetty, R. S., Meyer, M., Aldana, Blanca & Freude, Kristine, 2021, I: Stem Cell Reports. 16, 11, s. 2736-2751

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    17. Udgivet

      Automated identification of RNA 3D modules with discriminative power in RNA structural alignments

      Theis, C., Höner zu Siederdissen, C., Hofacker, I. L. & Gorodkin, Jan, 2013, I: Nucleic Acids Research. 41, 22, s. 9999-10009 11 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    18. Udgivet

      Bsgatlas: A unified bacillus subtilis genome and transcriptome annotation atlas with enhanced information access

      Geissler, Adrian Sven, Anthon, Christian, Alkan, F., González-Tortuero, E., Poulsen, L. D., Kallehauge, T. B., Breüner, A., Seemann, Ernst Stefan, Vinther, Jeppe & Gorodkin, Jan, 2021, I: Microbial Genomics. 7, 2, 17 s., 000524.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    19. Udgivet

      CRISPR-Cas9 off-targeting assessment with nucleic acid duplex energy parameters

      Alkan, F., Wenzel, Anne, Anthon, Christian, Havgaard, Jakob Hull & Gorodkin, Jan, 2018, I: Genome Biology. 19, 13 s., 177.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    20. Udgivet

      CRISPR/Cas9 gRNA activity depends on free energy changes and on the target PAM context

      Corsi, G. I., Qu, Kunli, Alkan, F., Pan, Xiaoguang, Luo, Y. & Gorodkin, Jan, 2022, I: Nature Communications. 13, 14 s., 3006.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    21. Udgivet

      CRISPRi screen for enhancing heterologous alpha-amylase yield in Bacillus subtilis

      Geissler, Adrian Sven, Fehler, A. O., Poulsen, L. D., Gonzalez-Tortuero, E., Kallehauge, T. B., Alkan, F., Anthon, Christian, Seemann, Ernst Stefan, Rasmussen, M. D., Breuener, A., Hjort, C., Vinther, Jeppe & Gorodkin, Jan, 2023, I: Journal of Industrial Microbiology and Biotechnology. 50, 1, 16 s., kuac028.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    22. Udgivet

      CRISPRon/off: CRISPR/Cas9 on- and off-target gRNA design

      Anthon, Christian, Corsi, G. I. & Gorodkin, Jan, 2022, I: Bioinformatics. 38, 24, s. 5437-5439 3 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    23. Udgivet

      CRISPRroots: On-and off-target assessment of RNA-seq data in CRISPR-Cas9 edited cells

      Corsi, G. I., Gadekar, V. P., Gorodkin, Jan & Seemann, Ernst Stefan, 2022, I: Nucleic Acids Research. 50, 4, 12 s., E20.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    24. Udgivet

      CUDA-Sankoff: Using GPU to Accelerate the Pairwise Structural RNA Alignment

      Sundfeld, D., Havgaard, Jakob Hull, Gorodkin, Jan & De Melo, A. C. M. A., 2017, Proceedings: 2017 25th Euromicro International Conference on Parallel, Distributed and Network-Based Processing, PDP 2017. IEEE, s. 295-302 8 s. 7912663

      Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferencebidrag i proceedings › Forskning › fagfællebedømt

    25. Udgivet

      Comparative RNA genomics

      Backofen, R., Gorodkin, Jan, Hofacker, I. L. & Stadler, P. F., 2018, Comparative Genomics: Methods and Protocols. Humana Press, Bind 1704. s. 363-400 38 s. (Methods in Molecular Biology, Bind 1704).

      Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt

    Forrige 1 2 3 4 5 6 7 Næste

    ID: 4356276